清代沿袭明代的黄、淮、运河治理机构，仍驻节济宁，并成为固定职官，其主官的正称：河道总督，品级为正二品。

1.总督河道部院。清康熙十六年（1677年），以安徽巡抚靳辅为河道总督。靳辅以治理重点、难点在淮安清口，河督署却在七八百里外的济宁，为便于就近指挥，于第二年在清江浦设立“行馆”。从靳辅开始，此后的历任河道总督都无一例外地驻节于清江浦，而济宁却多成为副总河的办公处了。清代，驻节清江浦的河道总督共有12任11位，历时51年。

设立于清江浦的河道总督署的前身，是明永乐十五年（1417年）始设的户部分司公署。户部分司是户部的派出机构，专理设立于清江浦的漕粮转搬仓——常盈仓出纳维修等事务，“天下粮仓”的故事就发生在这里。

2.江南河道总督部院。雍正七年（1729年），清朝分设江南河道总督，驻清江浦，管理江苏、安徽两省的黄、淮、运河，简称南河，江苏巡抚尹继善转任江南河道总督，衙署为原河道总督署。改原河道副总督为山东、河南河道总督，驻济宁州，管理山东、河南两省的黄运两河，简称东河，吏部尚书、原河道副总督嵇曾筠任东河总督。雍正八年，又设管理海河水系的北河总督，驻节天津。南河、东河、北河，合称“三河”。从雍正七年至咸丰十一年（1729—1861年）南河总督裁撤，驻清江浦的江南河道总督共有44任34位，历时132年。

3.漕运总督署。咸丰十一年（1861年）裁撤江南河道总督后，以漕运总督兼领其事。次年，即同治元年（1862年），漕督吴棠奉旨从淮安府（今淮安区）迁来清江浦。因为咸丰十年清江浦被捻军攻破后，南河总督署被焚毁，所以，吴棠在原总河署废墟上重建新公署，其“规模之大，县城无两”。光绪三十一年（1905年），漕督裁撤，设江淮行省，遂改为江淮巡抚署。其间，先后有31位漕运总督驻节于此，历时43年。

4.江淮巡抚署。光绪三十一年（1905年），朝廷虑及清江浦“实为绾毂水陆之冲，北连徐海，南控淮阴，地既适中，势尤扼要”，遂议定设江淮行省，管辖江、淮、徐、扬四府及通、海两直隶州，省会清江浦，巡抚公署仍沿用原漕督衙门。同年，江淮省裁撤。

5.江北提督署。光绪三十一年（1905年）至宣统三年（1911年），古衙署又更换为军事机构——江北提督署，驻浦提督共有7名正职，职衔为从一品。袁世凯把持的中央练兵处三个司的正使均曾来浦任职：军政司正使刘永庆、军学司正使王士珍、军令司正使段祺瑞。 “北洋三杰”中的“两杰”王士珍、段祺瑞均曾驻节于此。宣统三年（1911年）秋，武昌起义后，清江浦光复，江北提督裁撤。

6.江北都督署。武昌起义后，清廷驻清江浦新军第十三混成十三协官兵起义，淮安光复。清江浦各界人士公推原清军江北军事参议官蒋雁行为“江北都督”，古衙署又变为江北都督府。

7.护军使、镇守使公署。民国元年（1912年）5月，袁世凯任命程德全为江北护军使，裁并江北军政府，古衙署又改为江北护军使公署。民国5年（1916年），改江北护军使为淮扬镇守使，又成为淮扬镇守使公署。

8.驻军公署。1927年冬，北伐军攻取清江浦，淮扬镇守使公署消失，古衙署成为国民革命军第二十六军总指挥部。

9.城南公园、叶园。1928年，古衙署西侧辟建为城南公园。古衙署办公场所渐为公私所占有。抗战胜利后，苏皖边区政府修复城南公园，为纪念黑茶山遇难的叶挺将军，易名为“叶挺公园”，李一氓主席亲笔题名“叶园”。