南宋绍熙五年（1194年）黄河决阳武故堤，侵汴、泗夺淮河入海，形成黄、淮、运河在清口交汇，黄河多沙，以“善淤、善决、善徙”著称，水、沙情势复杂，造成交通运输的关隘，故清口为河道治理的重点、难点。
1.开凿清江浦。自春秋时期吴王开凿邗沟以后，在淮安境内泗水、淮河、邗沟一直是南北大运河的主体。明永乐二年（1404年）命陈瑄为漕运总兵官，先由海运，后改以内河漕运为主，对南北大运河进行了全面治理。首先，沿北宋乔维岳所开的沙河，自淮安（今淮安区）城西管家湖开清江浦河，至淮阴鸭陈口（今淮阴区马头镇惠济祠附近）入黄（淮）河。既免除了船舶过坝问题，也避开山阳湾“运舟多罹覆溺” 的风险。同时，在清江浦河上递建板闸、移风、清江（浦）、福兴和新庄五座节制闸，保证漕船畅通。为平抑水位，万历十七年（1589年）又在各闸旁开越河，建越闸。直至二十世纪五十年代，清江正越闸两侧，一直是淮安古城区繁华的商业中心。
清江浦河的水源原是由管家湖补给，因黄河泥沙的淤积，到明中期，清口及以下的黄河河底已与两岸地面基本持平。洪泽湖水库建成后，清口的淮水“三分济运，七分敌黄”。洪泽湖已是运河水的补给源。因此，运河水的流向，由东向西改为由西向东。同时，运河又承担淮、沂、沭、泗流域的部分排水任务。
2.江南河道的治理。黄河夺淮前期，分别侵夺涡、颍、汴、泗等多道夺淮入海，其灾害多在淮河中上游地区。明弘治五年（1492年），黄河决黄陵冈荆隆口，分数道北犯张秋运河，危及漕运。次年，刘大夏受命治河，筑黄河北岸黄陵冈太行堤，使黄河全流南下经汴水、泗水夺淮河入海。从隆庆到万历初，运河的治理重点集中在徐州以北至济宁的南四湖地区。徐州以下经清口至海口，以及淮扬运河，都是黄河水患的重灾区，清口附近黄河连年决口，“河漕”受阻。万历六年（1578年）黄河决崔镇（今泗阳县史集）而北，淮水决高堰（今洪泽湖大堤）而东，清口只剩下一沟之水，淮、扬两府地区一片泽国，运道完全中断。同年，潘季驯第三次任总理河道兼漕运都御史，到淮安治河，创建并实施“以堤束水”“以水攻沙”“蓄清刷黄”的治河理论和实践，创建了淮安清口水利枢纽。从此，直至黄河北徙，清口及其附近的黄、淮、运河一直是全国的治理重点。
清代，朝廷沿用潘氏“蓄清刷黄”的理论和实践，并厉行“避黄行运”的方略，开中河，使运道完全脱离黄河。浚治清口，使清水畅出刷黄、济运。在这期间，固定了从开封经徐州到淮安的黄河河道，使其水流集中入海；加筑高家堰，提高刷黄能力；整治淮扬运河。然而，清口淤垫势不可免，由里运河进入中运河，其艰难被称为水上蜀道。延至道光年间，南河总督张井使用“灌塘法”，艰难之极，被称为“陆地行舟”。咸丰五年（1855年），黄河北徙，冲断山东运河，漕运中止十余年。
3.清口的变迁。古清口，在明初只是泗水会淮之口。到明朝中期以后，是淮河会黄的口门。万历以后，也是引洪泽湖淮水刷黄的取水口。中运河开凿以后，这里集中有清河口（黄河口）、淮河七条引河口、中运河口和里运河口。中运河与黄河并行，淮河与黄河斜交，里运河口与黄河口相向，里运河、淮河（洪泽湖）常受到黄河倒灌。故明清时期，里运口移建多达十次以上。如乔维岳的磨盘（运）口，在大清口对岸（在今淮阴船闸以北，杨庄老街附近）；明永乐陈瑄的鸭陈（运）口位于小清口对岸（今淮阴船闸西，新庄附近）；万历潘季驯的运口移位于陈瑄新庄运口以南；清康熙时靳辅将运口更南移至洪泽湖出口的烂泥浅上；现在马头镇南侧的运口遗址，则是乾隆二年（1737年）以后形成的。运河在这里形成“之”字形状。黄河北徙以后，清口的治理基本停滞，1935年淮阴船闸建成后，里运河与中运河才基本做到直线对接，不再迂回，节省12公里水程。
康熙十六年（1677年），靳辅出任河道总督，开始大规模治理河道。首先疏浚黄河下游清口至云梯关河道，使洪水得以畅流入海，相继堵塞高家堰及黄河各处决口。在遏制了洪水的泛滥之势后，靳辅又先后完成了改移运口于七里墩，开烂泥浅、三岔河、裴家场、帅家庄四引河；疏浚皂河、开挖中运河等工程。经过几年的治理，黄河安流，漕运通畅。
康熙四十一年(1702年) ，河道总督张鹏翮在陶庄开引河，导黄河北行，后又大挑清口内各引河，由原来四条扩建为七条（增加张福引河、天然引河、太平引河），各引河总汇点北距清口束水东西坝二里左右。此后十余年，清流顺畅，会黄入海，漕运无阻。乾隆四十一年（1776年），江南河道总督萨载开挖陶庄运河，于次年竣工。
4.运河的整治。从山东省界到长江边的运河，除开凿清江浦河以外，先后开挖从直河口（沂水入泗口，在今睢宁县古邳镇南）到清口的皂河、通济新河（在今骆马湖中）、中（运）河。淮扬运河古为邗沟，河道多串湖而成，故明代称之为“湖漕”。清康熙时，靳辅在高邮湖中开永安河，修复决口十余年的清水潭，使河、湖完全分离；疏浚山阳（今淮安区）、清河（今市区）、宝应、高邮和江都（含今扬州市区）境内的运河，增筑两岸堤防，堵塞运道上所有决口，先后完成了淮扬运河上的减水坝和平（分）水闸，修建22处运河通湖河道的港口。康熙三十九年(1700年) ，张鹏翮继续实施靳辅的方略，疏浚运河东堤减水坝下游的河道，使运河下泄的水经射阳湖加速入海；建金湾减坝，连同原有的减水坝、减水闸，加速下泄的淮水入江，保证了运河的正常通航。
5.黄河上河的治理（淮安以北）。“凡河道工程，黄、淮二渎为大，运河次之，永定河又次之，及南北条诸川湖淀附流入海、分流济运者咸受治焉”。康熙二十四年（1685年）秋，靳辅“以河南地在上游，河南有失，则江南河道淤淀不旋踵。乃筑考城、仪封堤七千九百八十九丈，封丘荆隆口大月堤三百三十丈，荥阳埽工三百十丈，又凿睢宁南岸龙虎山减水闸四”。雍正元年（1723年），齐苏勒任河道总督，对阳武、祥符、商丘三县交界处修建堤防进行大修，建子堤长九千二百八十八丈，隔堤长七百八十丈。雍正二年（1724年） ，嵇曾筠在河南担任副总河期间，就培修南北大堤二十二万三千丈；次年，又修南北两岸危险工程，增培两岸堤工，加筑土坝；雍正六年（1728）七月，齐苏勒奏称“黄淮运河大工告成”“于本年七月二十七日通行修理完竣”。雍正八年（1730年），又大修黄运两河堤二十四万一千丈。
6.黄、淮下河的治理（淮安清口以东）。治理黄、淮入海口，靳辅力主在上游加固加高堤坝。他在黄淮运治理上取得成功的同时，在治理黄淮下河问题上与康熙以及直隶总督于成龙发生分歧，因而被革职。康熙三十九年(1700年)，张鹏翮任河道总督，一面尽拆拦黄坝，一面开浚近海河身。张鹏翮以后历任河道总督，在治理黄河下游淤积的问题上一般都采用靳辅的“束水攻沙”之法。但在淮河流域雨水稀少的年份，此举导致洪泽湖水位较低，不能蓄清刷黄，黄河下游泥沙不断沉积，河床抬高。为了攻沙，第二年又不得不抬高洪泽湖的水位，引起连锁反应，黄河由上而下，两岸堤坝也不断加高。黄河水位则越来越高，堤坝越来越危险。乾隆以后，黄河河患频繁发生，最大一次是在咸丰五年（1855年），直接导致了黄河的改道北归。
7.黄、运分离。黄河、运河治理是河道总督最核心的职责。清初运河河道可谓敝坏已极，虽有局部疏浚，却于大局无补。康熙十九年（1680年），总河靳辅开皂河四十里，即以原直河口与董口之间的皂河为口通黄河，由皂河口向北偏西开河至窑湾接泇河。由于皂河口为黄水倒灌容易淤积，康熙二十年（1681年），又自皂河以东，历龙冈岔路口至张家庄二十里挑新河三千余丈，并移运口于张家庄，即张庄运口。康熙二十五年（1686年），靳辅加筑清河县（今清江浦区）之西黄河北岸遥堤后，于遥堤、缕堤之间挑挖中河行运。中河自张庄运口至清口对岸，长180里，于清河县西仲家庄建闸泄水通运，工程于康熙二十七年（1688年）正月竣工。至此，黄、运彻底分离，最大限度地减少了黄河对运河的不利影响，使得元明以来的“河漕”不复存在。
康熙三十八年（1699年），河道总督于成龙弃中河下段，改凿六十里，曰“新中河”， 康熙三十九年（1700年），河道总督张鹏翮又截用旧中河上段、新中河下段合为一河，并在两岸筑河堤一万多丈，这就是最后成型的中河。从此“中河安流，舟楫甚便”。康熙四十二年（1703年），把中运河口改在下游的杨庄。
